Il est incorporé de force dans l'armée allememande le 6 janvier 1943 avec obligation de servir avec fidélité sous menace de représailles exercées sur sa famille.
Il combattra sur le front russe. En août 1943, son régiment doit rejoindre l'AFRIKA KORPS en Lybie.
Le train qui doit rejoindre Marseille fait relache en gare d'Ambérieu en Bugey / Roger WERNER déserte.
Il est récupéré par un responsable local de l'AS, Marcel DEMIA.
WERNER rejoint le camps de Chougeat ou il devient rapidement chef de groupe, puis adjoint du commandant PARIS, chef de groupe franc. Quand PARIS est capturé, torturé, et disparait, WERNER prends le controle du groupe franc ; SOUDAN est son adjoint. Il combattront l'ennemei avec acharnement, notamment dans le secteur de Coligny.
Avec le groupe Michel PESCE notamment WERNER participe au sabotage des locomotives de Bourg dans la nuit du 7 au 8 juin 1944 et à la destruction du pont transbordeur.
Avec les groupes francs, Michel PESCE pour les groupements Nord, Pierre MARCAULT et PAUL pour le groupement Sud celui de WERBER devait jusqu'à la libération s'illustrer avec brio.